Dans les années 1970, un projet prévoit la reconstruction du lycée national mixte situé 4 bis rue du collège à Flers, et l'aménagement d'un collège d’enseignement technique dans ses nouveaux locaux.
Pour cela, la Ville de Flers met à la disposition de l’Etat un terrain d’une superficie d’environ 50.000 m2, situé dans la ZUP St-Sauveur, à proximité du futur lycée Fernand Léger. Les plans de la cité scolaire sont élaborés par les architectes Michel Andrault et Pierre Parat, notamment à l’origine du Palais omnisports de Paris-Bercy (1979-84) et de la ville-nouvelle d’Évry (1972-1981), quand le suivi des travaux est confié à l’architecte Pierre Communal.
Les quatre opérations prévues sont échelonnées entre 1978 et 1980 : l’internat, construit en 1979, l’externat et les ateliers en 1980, ainsi que les logements de fonction en 1981.
Les murs de couleur ocre-rouge, comportant des fenêtres et des portes vitrées aux arcs arrondis, ou encore les galeries couvertes parcourant l'établissement, évoquent l’architecture orientale. Michel Andrault et Pierre Parat ont en effet adapté un projet initialement prévu au Liban - qui n'a pu être réalisé compte tenu des problèmes politiques de ce pays - afin qu'il puisse être exécuté à Flers.
La construction de cette cité scolaire ayant engagé la création d'un 1% artistique, les deux architectes font appel aux sculpteurs Bernard Alleaume et Yvette Vincent-Alleaume, avec lesquels ils ont régulièrement travaillé au cours de leur carrière. Les artistes présentent en juillet 1980 un premier projet à la Commission nationale chargée du 1% artistique : une sculpture monumentale en voiles de béton, évoquant une ville en ruines. Il n’est toutefois pas retenu car pouvant poser des problèmes de sécurité.
Les artistes élaborent donc un second projet, validé en 1981. « Archéologie » est installée l’année suivante dans la cité scolaire, qui prend par la suite le nom de « lycée général et technologique Jean Guéhenno ».
En 1988, afin d’augmenter ses capacités d’accueil, la Région Basse-Normandie - propriétaire des lycées depuis les lois de décentralisation - entreprend la création d’une salle de sciences et de salles de classe, et installe dans l’établissement deux bâtiments préfabriqués. Un programme de remise à niveau, de gros œuvre, et d’entretien des locaux est également engagé. Un service de restauration, destiné aux élèves du lycée, mais aussi à ceux du lycée Fernand Léger, est construit en 1992-1993 par le cabinet Philippe Haloche. Cette opération permet l'aménagement de nouvelles salles de classes en 1993-1994 (cabinet Haloche), et par là-même de faire face à l’augmentation croissante des effectifs.
Récemment, le lycée Jean Guéhenno a fusionné avec le lycée Fernand Léger pour former un seul et même établissement, renommé « lycées Jean Guéhenno » ou « lycées de Flers ». Une salle polyvalente a été construite en 2010 par le cabinet Bernard et Thouin, au centre des deux ensembles architecturaux. Cette opération a engagé la réalisation d’un 1% artistique. Après appel d’offre et examen des dossiers de candidatures par le Comité artistique régional réuni en novembre 2011, Vincent Fradet a été retenu pour réaliser une oeuvre d'art contemporain pour l'établissement. Intitulée « Milieux », elle a été conçue en juin 2012.
